有研究報告指咖啡有助於預防大腦症狀與各種疾病，但相信可以預防疾病，並不是咖啡迷遍布全球的主因，而是因為其獨特的風味又具有提神醒腦的作用。咖啡含有咖啡因，除了可發揮提神醒腦的功效外，咖啡因還有著可提升認知功能與注意力的作用，有助於活化扣帶迴（扣帶回是腦內邊緣系統的一部分，其功能牽及情感、學習和記憶和自我）。 

有人說喝完咖啡很快樂，這是因為一些受體與腺苷及多巴胺相連有關，多巴胺是人體傳達興奮、喜悅等訊息的重要物質。當腺苷和一些受體結合時，多巴胺便沒了容身之處，但是當咖啡因與這些受體結合時，多巴胺也能同時嵌入，因此便能讓人心情愉悅，甚至可能感到幸福的感覺或減輕壓力。其實，咖啡的有效成分還不只有咖啡因，還有可預防動脈硬化的多酚，咖啡中的多酚含量與紅酒差不多。有研究顯示，日本人每天攝取的多酚，約有一半來自於咖啡。同時也有報告指出，多酚具有抗氧化功效，適量攝取的話有助於預防失智症和中風。 

曾有一個大規模的實驗作比較，把平常會喝咖啡與不喝咖啡的人分成兩組，結果發現平時喝咖啡的人（大多為一天四杯），罹患柏金遜症的比例較低。實驗報告進一步指出，咖啡因能促進與柏金遜症有關的大腦部位分泌多巴胺，成功降低罹患機率。由於柏金遜症起因於大腦裡的多巴胺枯竭，理論上咖啡確實有助於預防柏金遜症。而動物實驗已經證明，不只柏金遜症，喝咖啡也能有效預防阿茲海默症等失智症。不僅如此，喝咖啡也能降低女性引發腦溢血的機率，降低成年人神經膠質瘤的發生率。根據近年來的研究報告，平時喝咖啡有助於預防各種大腦疾病。  

雖然，咖啡具有各種健康功效，但並不是用來維持大腦健康的藥物，不應過度攝取，尤其是當身體或精神疲勞時，希望藉著咖啡掘取腦內最後一點精力，更是會危害身體。其實，人體在獲得充分休息與睡眠後，飲用咖啡才能有助活化大腦，因此也要飲得其法。

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